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MBR膜的清洗有物理清洗、化學(xué)清洗、超聲波清洗與電清洗等。物理清洗是用機(jī)械力從膜面上或膜孔內(nèi)去除污染物。包括多種方法，如正方向沖洗、變方向清洗、透過液反壓沖洗、振動(dòng)、排氣沖水法、空氣噴射、自動(dòng)海綿球清洗、水力方法、氣-液脈沖與循環(huán)洗滌等。當(dāng)膜面附著的污泥層對膜過濾造成很大影響時(shí)，空曝氣的效果也比較顯著。對于孔堵塞和形成凝膠層的膜采用化學(xué)清洗是最有效的方法。經(jīng)過多年實(shí)踐的證明，酸或堿的化學(xué)清洗可以減弱顆?；?yàn)V餅在膜面或膜孔內(nèi)的黏附，增加濾餅的滲透性，但不能有效地去除膜上的顆?；?yàn)V餅。由于化學(xué)清洗會(huì)使反應(yīng)器內(nèi)生物失活，造成二次污染，在實(shí)際工程的運(yùn)用中非常不便，因此最好能夠避免化學(xué)清洗。
超聲波清洗是通過超聲波脈沖產(chǎn)生的高能量破壞膜表面和吸附物質(zhì)的鏈接，松散膜面上的顆粒，從而去除膜表面的沉積層。研究了超聲波在膜污染監(jiān)測和清洗上的應(yīng)用，運(yùn)用時(shí)域反射計(jì)通過反射波的波幅高低來反映膜污染的類型和大小。
通過比較確定，采用反沖洗+超聲波的方法清洗效果最好，基本上可以將膜污染完全清除。研究表明，清潔水反沖、超聲波和化學(xué)清洗相結(jié)合可以有效地恢復(fù)膜通量。一些研究者在膜上施加電場，用電清洗來控制股污染，通過在一定時(shí)間間隔內(nèi)在膜上施加電場，使帶電粒子或分子沿電場方向移動(dòng)，在間斷操作的情況下，從界面上除去粒子或分子。
